江苏食用菌研究所于2014年4月在原食用菌教学工场的基础上（建于2009年9月）成立，占地总面积近20亩，建设面积达5000平方米，主要服务于师生的教学、科研和社会服务，承担着食用菌菌种的技术研发、人才培养、科普教育和菌菇文化传播等科教功能。研究所拥有标准化的母种、原种和栽培种生产车间以及自动化智能控制出菇房16间，建有菌种资源保藏中心、食用菌营养与育种机理机制、新产品开发等综合实训中心。拥有超净工作台、温控培养箱、烘箱、干燥箱、大型灭菌锅、原子吸收、气相、液相、冷冻干燥、荧光倒置显微镜、蛋白电泳系统、PCR仪等设备，总资产近2000万元。研究所现有正高职称1人，副高职称5人，中级职称8人。自研究所成立以来，先后承担了江苏省种业振兴“揭榜挂帅”等多项省级及市厅级项目，共发表研究论文80余篇，获批专利11件，获团体标准2项，编写教材5部，其中全国高等职业教育“十二五”规划教材1部。获2019-2021年度全国农牧渔丰收奖三等奖、江苏省农业技术推广奖“二等奖”，江苏省教育教学与研究成果奖（研究类）高校自然科学研究类三等奖，江苏农业科技奖丰收奖“三等奖”。研究所在珍稀食用菌的高效生产及产业化推广方面进行集成创新，建立了珍稀食用菌产业化开发企业建设体系和科技服务体系。筛选到适合江苏地区栽培的灵芝、羊肚菌、蝉花、大球盖菇、猴头菇、金针菇、蛹虫草等珍稀食用菌优良品种10余种，在省内外示范推广新品种、新技术、新模式近20个示范点，推广成果显著。十多年来，研究所培养了农业生物技术、食品生物技术及食用菌生产与加工专业的毕业生1000余人，指导学生参加省级和全国技能大赛、创新创业大赛，获得国家级一等奖6项、二等奖5项、三等奖1项，省级一等奖6项。在近5年江苏省毕业设计评选中，获得食用菌方向优秀设计团队奖5个，优秀毕业论文二等奖2个，三等奖1个。
